Le flux de commerçants, agréés ou non, vers les pays d’en haut et la région qui allait devenir le Wisconsin s’intensifia à la fin du 17e siècle. Pour faciliter le commerce et éviter les conflits avec des intermédiaires comme les Meskwaki, les Français savaient qu’ils devaient créer des alliances avec les nombreux groupes autochtones qui vivaient alors dans le Wisconsin. Pour poursuivre ces projets, Simon-François Daumont de St.-Lusson fut envoyé à Sault Ste. Marie en 1671 pour revendiquer au nom du roi de France les lacs Huron et Supérieur et la région adjacente, y compris les terres non encore découvertes par les Français. Il l’a fait en présence d’environ 2 000 principaux chefs autochtones, dont les Sauk, les Menominee, les Potawatomi, les Ho-Chunk et treize autres tribus.
Nicolas Perrot était un commerçant engagé comme traducteur à St-Lusson. Il s’est révélé être un traducteur compétent et un ambassadeur culturel auprès des groupes autochtones en contribuant à solidifier ces relations, qui étaient importantes mais en constante évolution. Il a donc été appelé à plusieurs reprises pour négocier des traités entre les Français et les autochtones. En 1685, on l’a nommé commandant de la « Baie des Puants », comme on appelait ce qui est aujourd’hui Green Bay, et des régions voisines. Perrot se rendit jusqu’au fleuve Mississippi et construisit plusieurs postes depuis Prairie du Chien vers le nord jusqu’à ce qui est aujourd’hui le Minnesota : un poste de traite à Trempealeau, le fort Saint-Antoine sur le lac Pépin (sur la rive est du lac) et le fort Saint-Nicolas à l’embouchure du fleuve Wisconsin.
Lorsque les Anglais, peu de temps après, firent valoir leurs revendications sur ce territoire, les autorités françaises ordonnèrent à Perrot de revendiquer à nouveau la région pour la France, ce qu’il fit lors d’une cérémonie au fort Saint-Antoine en mai 1689. Quelques années plus tard, le commerçant Pierre Charles Le Sueur a établi de petits postes sur l’île Madeleine et sur une île du fleuve Mississippi en aval de l’embouchure de la rivière Sainte-Croix. Ces postes visaient en partie simplement à établir une présence française sur ce territoire, afin d’inciter les autochtones à commercer avec eux et non avec les Anglais.
Les « Fox Wars »
Le nom français du peuple Meskwaki était « Renards », « Fox » en anglais, d’où le nom de la rivière (« Fox River ») qui se jette dans Green Bay. Avec le soutien occasionnel des alliés Mascouten et Kickapoo, les Meskwaki furent la seule tribu à s’opposer systématiquement à la domination française dans le Wisconsin. Parce qu’ils agissaient comme intermédiaires dans le commerce des fourrures, ils étaient irrités par les prix élevés des marchandises commerciales et alarmés par les tentatives françaises de fournir des armes à feu à leurs ennemis Dakota à l’ouest.
Lorsque certains membres de la confédération iroquoise les invitèrent à faire du commerce avec les Anglais à New York, les relations entre Meskwaki et les Français se détériorèrent. De 1712 à 1730, les Français et les Meskwakis se sont engagés dans une série d’affrontements militaires souvent appelés la Guerre des Renards. Ces violents affrontements ont commencé à Détroit, ont continué avec une confrontation dans le Pays des Illinois et il y a eu deux batailles majeures à Little Butte des Morts sur la rivière Fox dans le Wisconsin, entre autres incidents violents. Ces attaques ont créé une situation chaotique dans le Wisconsin, rendant les déplacements difficiles et dangereux. Finalement, les guerres décimèrent les Meskwaki, et ils cherchèrent refuge parmi les Sauk, qui vivaient le long de la rivière Wisconsin. Vers 1745, les deux nations se sont déplacées vers le cours inférieur des rivières Wisconsin et Rock.
Durant cette période, Paul Marin, originaire de Montréal et soldat dans l’armée française, était chargé de la région de Chequamegon ; sa responsabilité comprenait le commerce des fourrures. Lorsque la retraite des Meskwakis a laissé les rivières Fox et Wisconsin à nouveau ouvertes aux Français, Marin fut envoyé commander à La Baie, le poste à l’embouchure de la rivière Fox où les Français avaient érigé un nouveau fort en 1731. Marin ouvrit également de petits postes de traite le long des fleuves Wisconsin et du haut Mississippi et employa un certain nombre de voyageurs pour effectuer le commerce. Son fils, Joseph, poursuivit la tradition commerciale familiale à La Baie, à Chequamegon et dans le haut Mississippi.
Au début du 18e siècle, les tensions persistantes entre la France et l’Angleterre qui se disputaient la domination de l’Amérique du Nord aboutirent à plusieurs guerres, dont la Guerre du roi George, qui débuta en 1745. Paul Marin joua un rôle dans cette guerre, dirigeant les forces françaises dans diverses campagnes sur la côte est et en Pennsylvanie. Lorsque le conflit mondial parfois connu sous le nom de Guerre française et indienne, appelée guerre de Sept Ans en Europe et guerre de Conquête par les Canadiens français, éclata en 1756, des batailles entre les Anglais et les Français se déroulèrent en Europe. et en Amérique du Nord. La fin de la guerre, provoquée par les défaites françaises, notamment la bataille de Québec sur les plaines d’Abraham, fut marquée par la signature du Traité de Paris en 1763. Cela mit fin à la colonisation française en Amérique du Nord. Le Wisconsin avec tout le Pays d’en haut est devenu territoire de l’empire britannique. Toutefois, cela ne signifie pas un changement soudain pour les personnes qui y vivent.
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