À partir des années 1600, de nombreux groupes étrangers sont arrivés au Michigan, entraînant des changements importants dans la vie des autochtones qui y vivaient. Les Français furent les premiers Européens à se rendre dans la région occidentale des Grands Lacs, arrivant en petit nombre en tant qu’explorateurs, missionnaires et commerçants. Dès 1620, le jeune Français Etienne Brûlé, envoyé par Champlain vivre chez les Hurons pour apprendre leur langue et leurs coutumes, voyageait avec un groupe de Hurons jusqu’aux rives du lac Supérieur. Jean Nicollet traversa en canoë le lac Michigan jusqu’à sa rive ouest en 1634, rencontrant des membres de la tribu Winnebago (Ho-Chunk). Et en 1641, les autochtones Ojibwe escortèrent deux prêtres jésuites, le père Charles Raymbault et le père Isaac Jogues, à Sault Ste. Marie après avoir invité les deux missionnaires à les accompagner dans leur pays natal.
Après ces premières rencontres entre Français et autochtones, les Français ont établi des colonies dans trois régions du Michigan actuel : dans le détroit de Mackinac, dans la vallée de la rivière Saint-Joseph au sud-ouest du Michigan, et à Détroit dans le sud-est de l’état. Plusieurs motivations ont poussé les Français à explorer et à s’établir ici, dans une région qu’ils appelaient le pays d’en haut, car elle se trouvait en amont de leurs premières colonies le long du fleuve Saint-Laurent : Québec, Montréal et Trois-Rivières.
Premièrement, ils souhaitaient trouver un passage vers l’ouest vers l’océan Pacifique et donc vers l’Asie ; ensuite, ils voulaient développer le commerce des fourrures et ses avantages économiques pour la France ; et enfin, ils cherchèrent à établir des alliances politiques avec les peuples autochtones afin de contenir les colons britanniques et leurs alliés autochtones iroquoiens le long de la côte est de l’Amérique du Nord. De plus, l’Église catholique et en particulier les missionnaires jésuites voulaient convertir les Amérindiens au catholicisme. Pour toutes ces raisons, les colonies françaises étaient situées le long des voies navigables afin d’avoir un bon accès pour les voyages et le commerce. Elles se trouvaient presque toujours à proximité des villages autochtones et étaient souvent associées à des sites missionnaires religieux.
En 1688, le père Jacques Marquette fonda le premier établissement permanent européen dans le nord du Michigan à Sault Ste Marie parmi les groupes de réfugiés Huron, Petun (Tionontate), et Odawa. Plus au sud, au détroit de Mackinac, la mission de Saint-Ignace fut établie en 1671, d’abord sur l’île alors appelée Michilimakinac et peu après du côté nord du détroit. Peu de temps après, les Français établirent le fort de Buade à proximité des colonies huronne et odawa, juste au sud de la mission de Saint-Ignace, en grande partie pour bloquer l’intrusion des Britanniques dans le commerce des fourrures, car ils souhaitaient avoir le contrôle commercial exclusif du territoire dans cette région. Cependant, bien que le Fort de Buade ait été le centre de l’activité militaire française pendant plus de dix ans, les Français ont bientôt vu une offre excédentaire de fourrures et par conséquent ils ont fermé le fort et le poste de traite en 1697, incendiant la mission en 1705.
Le détroit de Mackinac demeura néanmoins un lieu de rencontre important pour les Amérindiens et les Français. Les Odawa ont continué à cultiver des champs agricoles près du détroit, l’un des nombreux sites parmi lesquels ils se déplaçaient au fur et à mesure de la rotation de leurs parcelles cultivées. Les Français construisirent un nouveau fort du côté sud du détroit en 1715. Son nom officiel était le fort Saint-Philippe, mais on l’appelait généralement le fort Michilimakinac. Les prêtres de Saint-Ignace y ont construit une chapelle et des troupes y ont été affectées afin que les Français puissent exercer un certain contrôle sur le commerce des fourrures et tenter de créer et de maintenir des alliances avec divers groupes autochtones. C’est devenu un point de rendez-vous important dans le commerce des fourrures et un endroit où les Français ont tenté de développer leurs relations avec les peuples Odawa et Ojibwe qui vivaient dans cette région. Les archéologues ont commencé à explorer le site du fort en 1959 et leurs travaux se poursuivent actuellement.
Le Fort Pontchartrain, situé sur la rive nord de la rivière Détroit, entre les lacs Érié et Huron, fut la première colonie française dans le sud-est du Michigan. Fondé en 1701 et dirigé par Antoine de la Mothe Cadillac, l’avant-poste se développa rapidement pour devenir l’un des postes militaires et commerciaux les plus importants du Pays d’en haut en raison de son emplacement stratégique sur la rivière, emplacement reliant deux des Grands Lacs, les lacs Érié et Huron. Les colons français ont construit le fort et des maisons le long de la rivière, dans ce qui est aujourd’hui le centre-ville de Détroit. Peu de temps après sa création, des groupes de Hurons (Wyandot), Odawa et Potawatomi ont formé des villages à proximité. Le fort et la ville en pleine croissance (il fut agrandi quelque temps après 1749, doublant sa taille) devinrent un établissement multiethnique au cours des premières décennies du XVIIIe siècle, ce qui fut avantageux des points de vue politique et économique tant pour les autochtones que pour les Français.
La troisième grande zone de présence française dans ce qui est aujourd’hui le Michigan se trouvait dans la basse vallée de la rivière Saint-Joseph. René-Robert Cavelier, sieur de La Salle, tenta en 1679 d’établir un port utilisable en fondant le fort Miami à l’embouchure de la rivière Saint-Joseph, mais ce fort fut abandonné en 1682. En 1691 cependant, Augustin Legardeur de Courtemanche, accompagné d’une douzaine de soldats, fut envoyé pour construire un fort sur la rivière Saint-Joseph, alors connue sous le nom de rivière des Miamis. Son emplacement était près du lac Michigan ainsi que de la Sauk Trail (reliant les villes actuelles de Détroit et de Chicago) et du bassin versant du Mississippi. Cela faisait que, comme les autres forts français, le fort Saint-Joseph permettait d’accéder à des routes importantes pour le commerce et la circulation des Amérindiens et des Européens.
La présence autochtone dans la vallée était importante, même si elle variait avec le temps. À la fin des années 1600, les Miami et les Potawatomi se sont réinstallés dans la région, de retour dans leur territoirre traditionnel après une période passée dans des régions où ils s’étaient réfugiés au début du siècle à cause des “Beaver Wars.” Il y avait dans la vallée de la Saint-Joseph au moins 2 000 autochtones dans les années 1700, soit un nombre largement supérieur à la population française dans cette région à l’époque. Le petit fort, qui a existé pendant près d’un siècle, abritait probablement à tout moment une trentaine d’habitants européens : des soldats, un forgeron, un interprète, un prêtre et quelques commerçants avec leurs familles. Le site du petit fort dans la ville actuelle de Niles fait l’objet de fouilles archéologiques depuis 1998, avec des recherches en cours visant à étudier le commerce des fourrures et la présence coloniale dans le sud-ouest du Michigan.
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